Hal lain yang berbeda pada
penyelenggaraan KSM tahun ini adalah setiap materi yang dilombakan diberikan
juga materi agama Islam, sehingga setiap siswa tidak saja menjawab soal-soal
sains tetapi juga soal-soal agama Islam. Hal ini bertujuan agar setiap siswa
tidak saja paham ilmu pengetahuan dan teknologi, mereka juga harus paham dan
menguasi ilmu agama Islam.
Untuk
mengoptimalkan penyelenggaraan kegiatan Kompetisi Sains Madrasah Tahun 2016
maka pihak panitia telah menyusun Petunjuk Teknis Kompetisi Sains Madrasah
Tahun 2016 sebagai acuan umum dalam penyelenggaraan kompetisi tersebut.